У меня специализированная ГИС. Там сетевые задачи, потери напора, гидроудары, мониторинг отключений, прогнозы разные (а скока народу без воды будет, если вон тот кран прикрутить), ремонты, границы ответственности, размещение ОС и т.д. Есть Актив-Х, через него кручу к 1С-овским задачам.
К неспециальным ГИС - отношение слабое, смотрю по диагонали.
По шейпам. Обычно, простой экспорт в комаделим., либо эксель.
О каких шейпах речь идет, от какой гис?
Если АркВью, АркМап - там обычно проблемы с новомодностями, 3Д-мерность, маршруты забубенные...
По ТриД - ковыряют уменьшение мерности, по маршрутам смотрят либо свойства. либо эвенты.
Вот, примерно так (вообще, сайтик хороший)
http://www.geofaq.ru/art/1shapemz.shtm